Vodenje podjetja marsikateremu podjetniku predstavlja veliko težavo. Še posebej se bodo na tem področju lovili tisti, ki se bolj posvečajo sami dejavnosti, torej proizvodnji ali opravljanju storitev, vodenje podjetja pa jim ni domače. Prej ali slej se bo treba soočiti z nekaterimi organizacijskimi opravili, gotovo pa brez teh opravkov ne gre pričakovati poslovne rasti.
Težava je v tem, da mora biti podjetnik pozoren na celo vrsto podrobnosti, na primer na roke, razpise, datume in podobne podatke. Hitro lahko zamudimo idealno priložnost za kakšne ukrepe, to pa se kaže na različnih področjih. Vodenje kakovosti je na primer področje, ki zahteva veliko pozornosti. Že sam interni nadzor proizvodnih procesov, materialov in izdelkov zahteva obilo organizacijskih spretnosti, še več pa, če dodamo še zunanje inšpekcije, teste, certifikate in podobno. Smiselno je vodenje kakovosti opravljati ločeno, morda ta opravila zaupamo kar posebnemu izvajalcu.
Mnogi podjetniki imajo težave tudi z zbiranjem, shranjevanjem in obdelavo dokumentov in drugih informacij. Nekatere dokumente je treba nujno hraniti, drugi pa so zelo uporabni za poslovanje podjetja. Tudi za vodenje kakovosti na primer potrebujemo celo vrsto dokumentacije, ni pa to edini primer. Na tem področju sicer tudi manj zagrizeni podjetniki lahko zelo učinkovito rešijo svoje težave – izbrati bo treba le dokumentni sistem, ki večino dela opravi namesto nas. Gre za računalniška orodja, ki ponujajo prav vse funkcionalnosti za učinkovito delo s poslovnimi podatki, ponujajo pa tudi neko mero avtomatizacije. Dober dokumentni sistem se bo zelo dobro obnesel tudi pri manj vestnih uporabnikih, medtem ko osnovni sistemi le malo nadgradijo ročno zapisovanje ali drugačno beleženje ključnih podatkov za organizirano vodenje sistema.
Dokumentni sistem in druga orodja lahko močno pomagajo pri organizaciji poslovanja podjetja, še posebej pa to velja za tiste programe, ki so namenjeni prav manjšim podjetnikom, ki imajo veliko dela že z opravljanjem same dejavnosti.